Начато строительство в 1908 году, когда государственной Думой было принято решение о строительстве Амурской железной дороги, а 19 июля 1908 года решение Думы было утверждено Николаем II и приобрело силу закона. 6 декабря 1913 года состоялось торжественное открытие железной дороги и отправлен первый поезд прямого сообщения Благовещенск – Санкт-Петербург.

В 1914 году в строящемся здании вокзала по решению городской Думы была устроена солея (возвышение) для иконы Албазинской Божией Матери «Слово Плоть Бысть» из сосновых плах, оклеенных красным сукном, обнесенная точеным барьером с поручнем. От иконы до конца солеи была проложена бархатная дорожка.

Здание вокзала представляет собой сложносоставной объем, стилизовано под древнерусскую национальную архитектуру и имеет свободную, живописую композицию.

В соответствии с Указом Президента РФ № 176 от 20.02.1995г. здание железнодорожного вокзала является памятником архитектуры и градостроительства федерального (общероссийского) значения.