Первым учебным заведением Русской Православной Церкви в г. Благовещенске стало двухлетнее духовное училище, образованное в 1862 году. В связи с переносом центра Камчатской епархии из Якутска в Благовещенск Святейший Синод принял также решение о переводе в Благовещенск и духовной семинарии, которая была открыта в 1871 году. Семинария готовила дьяконов и священников для дальневосточных церквей и учителей для церковно-приходских школ. Вскоре двухклассное училище и трехклассная семинария объединились, и в Благовещенске возникло новое духовное учебное заведение. Позже, в 1884 г. при семинарии была открыта образцовая духовная школа. Сначала семинария размещалась в приспособленном деревянном здании, требующем ежегодного серьезного ремонта, но в 1882-1885 гг. было построено обширное, каменное, трёхэтажное здание с подвалом, отвечавшее всем требованиям организации учебного процесса.

Закладка каменного здания Духовной семинарии произведена 6 июня 1882 года, а 6 октября 1885 года состоялось завершение строительства и освящение здания. Архитектор неизвестен. Здание построено на средства духовного ведомства.

С 1910 г. Благовещенская Духовная семинария, по ходатайству епископа Евгения, была преобразована в шестиклассную. За первые четыре года обучения учащиеся проходили гимназический курс (с добавлением некоторых богословских предметов), а два последних года исключительно посвящались богословским наукам. В основу общего образования было положено изучение классических языков и математики. В Благовещенской духовной семинарии до 1899 г. существовала кафедра маньчжурского языка, но затем она, в связи с низкой востребованностью специалистов, владевших этим языком, была упразднена. После принятия нового устава и штатов духовно-учебных заведений было введено преподавание основ ведения сельского хозяйства. В среднем ежегодно в семинарии и училище обучалось 180 учащихся, представителей разных сословий.

После установления советской власти, в 1920 г., Благовещенская Духовная семинария, единственное среднее учебное заведение православной церкви на Дальнем Востоке, прекратила свое существование.

В 1920 году здание перешло в ведение комиссариата земледелия и народного хозяйства, в 1924-1925 годах здесь располагался Амурский индустриальный техникум и художественно-промышленное училище, в 1930-е годы - автодорожный техникум.

С 1950-х годов – корпус № 2 Благовещенского сельскохозяйственного института, в настоящее время корпус Дальневосточного Государственного Аграрного Университета (ДальГАУ).